Le Carrefour jeunesse-emploi de la MRC de Desjardins a été fondé en mars 1999 avec la participation des partenaires de son milieu.  Ces partenaires communautaires, publics et privés ont permis, et permettent toujours aujourd'hui, au CJE de bénéficier d'un appui concret qui contribue à la mission du CJE sous diverses formes : financement, prêt de ressources humaines, dons de matériel, etc.

C'est en juin 1999 que la directrice générale, madame Denise Turcotte, entre en fonction.  L'embauche de toute l'équipe de travail s'échelonnera jusqu'en août.  Les premiers mois sont consacrés à la recherche et à l'aménagement des locaux, l'achat des équipements, l'élaboration de la programmation des services et des activités, ainsi qu'à la création des outils d'intervention.  À la mi-septembre, le CJE ouvre officiellement ses portes aux quelques 14 700 jeunes du territoire âgés entre 16 et 35 ans.

Le 5 octobre 1999, en présence de madame Diane Lemieux, ministre d'État au Travail et à l'Emploi et de madame Linda Goupil, députée de Lévis, que le Carrefour jeunesse-emploi de la MRC de Desjardins tient son inauguration officielle.